MotoGP第17戦マレーシアGPはマレーシアのセパンサーキットで二日目の予選を行なった。二日目は好天に恵まれ、全クラス全セッション、ドライコンディションで争われた。
MotoGPクラスでは、マルク・マルケス（ホンダRC213V）が1分59秒791でポールポジションを獲得。MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはダニ・ペドロサ（ホンダRC213V）。ペドロサは午前中のフリー走行3回目でトップタイムを記録、総合2番手にホルヘ・ロレンソ（ヤマハYZR-M1）、総合3番手にマルク・マルケス（ホンダRC213V）が続き、フリー走行総合上位10名のライダーが予選2回目に進出。11番手以下のライダーにより争われる予選1回目では、アルバロ・バウティスタ（ホンダRC213V）がトップタイムを記録し、2番手に青山 博一（ホンダRCV1000R）が続き、上位2名が予選2回目に進出した。
MotoGPクラスの予選2回目は気温35度、路面温度56度のドライコンディションで争われた。マルケスは開始4分50秒過ぎに2分00秒245を記録してリーダーボードのトップに立つと、2セット目のアタックでマルケス自身が昨年記録したポールレコード、2分00秒011を更新する）1分59秒791をたたき出し、今シーズン13回目のポールポジションを獲得した。シーズン13回目のポールポジション獲得は、グランプリ最高峰クラス史上初（1971年以降の記録）となる。なお、今年のセパンテストでは1分59秒台が記録されているが、公式レースで2分を切るタイムは初となった。
2番手に1分59秒973でペドロサ、3番手に2分00秒203でホルヘ・ロレンソ（ヤマハYZR-M1）。ステファン・ブラドル（ホンダRC213V）が2分00秒472で4番手。5番手に2分00秒703でアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティGP14）。6番手に2分00秒740でバレンティーノ・ロッシ（ヤマハYZR-M1）。7番手に2分00秒801でアレックス・エスパロガロ（フォワード-ヤマハ）。8番手に2分01秒119でカル・クロッチロウ（ドゥカティGP14）。9番手に2分01秒263でブラッドリー・スミス（ヤマハYZR-M1）。予選1回目から2回目に進出したバウティスタは2分02秒294で10番手に。青山は予選2回目の最初のアタック中に転倒。青山自身に大きなダメージはなかったものの、走行を継続することができず、2分10秒568で11番手となった。青山は予選1回目では2分02秒020をマークしている。
フリー走行3回目で転倒したポル・エスパロガロ（ヤマハYZR-M1）は、予選2回目に出走できず12番手となった。以下、予選1回目の順にヨニー・ヘルナンデス（ドゥカティGP14）が2分02秒184で13番手。ニッキー・ヘイデン（ホンダRCV1000R）が2分02秒330で14番手。カレル・アブラハム（ホンダRCV1000R）が2分02秒548で15番手。16番手に2分02秒682でエクトル・バルベラ（ドゥカティGP14）。17番手に2分02秒874でスコット・レディング（ホンダRCV1000R）。18番手に2分03秒165でアレックス・デ・アンジェリス（フォワード-ヤマハ）。19番手に2分03秒874でダニロ・ペトルッチ（ART）。20番手に2分04秒539でマイケル・ラバティ（PBM）。21番手に2分04秒784でマイク・デ・ミオ（FTR）。22番手に2分05秒208でブロック・パークス（PBM）の順となった。
初日の転倒で左ヒジを傷めたアンドレア・イアンノーネ（ドゥカティGP14）は、午前中のフリー走行3回目を走ったものの、ケガの影響から予選とレースをキャンセルすることになった。
Moto2クラスでは、ポイントリーダーのエステブ・ラバット（カレックス）が2分07秒429でポールポジションを獲得。Moto2クラスの予選は気温33度、路面温度56度のドライコンディションで争われた。フリー走行3回目でもトップタイムを記録していたラバットは、開始7分過ぎに2分07秒429を記録してトップに立つと、このタイムを上回る者はおらず、そのままトップの座をキープ。今シーズン10回目のポールポジションを獲得した。2番手には、チームメイトのラバットを追うランキング2位のミカ・カーリョ（カレックス）が2分07秒587で続き、マークVDSレーシングが予選ワンツーを獲得。2分07秒706で3番手のサンドロ・コルテセ（カレックス）が、今シーズン5回目のフロントロウを獲得した。
4番手に2分07秒754でマーベリック・ビニャーレス（カレックス）。5番手に2分07秒849でトーマス・ルティ（スーター）。中上 貴晶（カレックス）は最後のアタックで2分07秒875のベストラップを記録して、2列目6番手から決勝に臨む。
7番手に2分07秒886でフリアン・シモン（カレックス）。8番手に2分07秒956でヨハン・ザルコ（ケータハム・スーター）。9番手に2分08秒133でドミニク・アガター（スーター）。10番手に2分08秒144でアクセル・ポンス（カレックス）の順で続き、小山知良（NTS）は2分09秒710で28番手から決勝に臨む。
Moto3クラスはジャック・ミラー（KTM）が2分12秒450でポールポジションを獲得。Moto3クラスの予選は気温32度、路面温度52度のドライコンディションで争われた。セッション序盤にリーダーボードトップに立ったのはエフレン・バスケス（ホンダ）。バスケスは中盤の21分過ぎにファステストを更新するが、その直後にヤコブ・コンフェイル（KTM）がトップに浮上する。その後、開始23分過ぎに午前中のフリー走行3回目でトップタイムを記録していたジョン・マクフィー（ホンダ）がリーダーボードのトップに立つ。
残り10分を切って終盤のアタックが始まるが、バックストレートでは多数のライダーがクリアラップを待つためにスロー走行でタイミングをうかがう。ミラーもスリップに付かれることを嫌ってタイミングを図っていたが、残り5分でアタックラップに出ると、2分12秒450のファステストラップを記録。昨年のポールレコードを更新し、今シーズン8回目のポールポジションを獲得した。
2番手に2分12秒909でマクフィーが続き、マクフィーはグランプリベストグリッドを獲得。3番手に2分13秒016でコンフェイル。4番手に2分13秒040でバスケス。ポイントリーダーのアレックス・マルケス（ホンダ）はアタックラップに出た残り6分の6コーナーで転倒、自己ベストの更新はならなかったものの、2分13秒315でセカンドロウ5番手を確保した。
6番手に2分13秒434でロマーノ・フェナティ（KTM）。7番手に2分13秒529でダニー・ケント（ハスクバーナ）。8番手に2分13秒556でイサック・ビニャーレス（KTM）。9番手に2分13秒679でミゲール・オリビエラ（マヒンドラ）。10番手に2分13秒709でアレナ・バスティアニーニ（KTM）の順で続く。初日トップのニッコロ・アントネッリ（KTM）は、2分13秒990で13番手。ランキング3位のアレックス・リンス（ホンダ）は2分14秒444で17番手に終わった。
