MotoGP第15戦日本GP、MotoGPクラスは、栃木県のツインリンクもてぎで2日目の予選を行ない、ヨハン・ザルコ（ヤマハ）が1分53秒469でポールポジションを獲得した。

MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）。総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたポル・エスパルガロ（KTM）とブラドリー・スミス（KTM）の二人を加えた12名のライダーによって、気温15度、路面温度17度のウエットコンディションでQ2は争われた。

セッション序盤をリードしたのはマルク・マルケス（ホンダ）。マルケスは開始4分すぎに1分53秒903を記録してリーダーボードのトップに立つ。Q2は雨は上がり、路面はぬれているものの、一部ライン上は乾き始めるという微妙な路面コンディションとなった。1回目のアタックでは、バレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）が前後スリックタイヤでコースインするが、結果的にこの試みは失敗。1回目のアタックでトップに立ったマルケスも、2回目のアタックに前後スリックでコースに出たものの、路面はまだまだウエットで、その間に残り2分を切ったところでザルコがマルケスのタイムを越える1分53秒469を記録してトップに浮上。ザルコはオランダGPに続いて、今シーズン2度目のポールポジションを獲得した。

2番手に最後のアタックで1分53秒787を記録し、マルケスを逆転したダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）が浮上し、ペトルッチは今シーズン3回目のフロントロウを獲得。マルケスは自己ベストを更新できず、序盤に記録した1分53秒903で3番手となったものの、フロントロウを確保。

4番手に最後のアタックで1分53秒947を記録したアレイシ・エスパルガロ（アプリリア）が続き、今シーズンベストグリッドを獲得。セッション終盤に1分54秒235を記録して3番手につけていたホルヘ・ロレンソ（ドゥカティ）は、最後にペトルッチ、アレイシ・エスパルガロに交わされて5番手となった。

6番手に1分54秒342でダニ・ペドロサ（ホンダ）が続き、Q1からQ2に進出したスミスが1分54秒872で7番手と今シーズンベストグリッドを獲得。チームメイトのポル・エスパルガロも1分54秒906で8番手に続き、KTM勢がそろって上位につけた。

フリー走行総合トップのドビジオーゾは、1分55秒064で9番手。10番手に1分55秒483でアレックス・リンス（スズキ）、11番手に1分55秒617でアンドレア・イアンノーネ（スズキ）とスズキ勢が続き、序盤にスリックでコースに出たロッシは、2回目のアタックでレインに履き替えたものの、1分57秒786で12番手に終わった。ロッシは予選直前のフリー走行4回目に8コーナーで転倒を喫したが、ダメージはなかった。

以下、Q1のタイム順にロリス・バズ（ドゥカティ）が1分55秒862で13番手、マーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）は1分55秒916で14番手、カル・クロッチロウ（ホンダ）が1分55秒952で15番手。

16番手に1分56秒292でアルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）、17番手に1分56秒668でエクトル・バルベラ（ドゥカティ）、18番手に1分56秒771でサム・ロウズ（アプリリア）、19番手に1分56秒903でティト・ラバット（ホンダ）、20番手に1分57秒144でカレル・アブラハム（ドゥカティ）の順で続き、代役参戦の青山 博一（ホンダ）は1分57秒157で21番手。22番手に1分57秒787でスコット・レディング（ドゥカティ）が続き、ワイルドカード参戦の中須賀 克行（ヤマハ）は1分57秒861で23番手、代役参戦の野左根 航汰（ヤマハ）はFP4で転倒し右手を負傷。ケガをおしてQ1には出走したものの、痛みのため2ラップに止まり、2分01秒730で24番手。決勝へは出場の意向を持っている。