MotoGP第17戦マレーシアGP、Moto3クラスは、マレーシアのセパンインターナショナルサーキットで2日目の予選を行ない、ニッコロ・アントネッリ（ホンダ）が2分12秒653でポールポジションを獲得した。

Moto3クラスの予選は気温33度、路面温度40度のドライコンディションで争われた。セッション序盤にトップに立ったのはミゲール・オリベイラ（KTM）。オリベイラは開始7分すぎに2分12秒893を記録してリーダーボードのトップをキープする。残り10分を切ったところで各ライダー、最後のアタックに出るが、コース上の混雑がひどく、ダニー・ケント（ホンダ）はそれを嫌って一度ピットロードを通過するほどだった。

チェッカーが振れた直後にホルヘ・ナバーロ（ホンダ）が最後のアタックで2分12秒700を記録してトップに浮上するが、その直後にアントネッリが2分12秒653をたたき出し、チェコGP以来、今シーズン2度目となるポールポジションを獲得した。ナバーロが2番手に続き、オリベイラは終盤のアタックで渋滞につかまりタイム短縮ならず、2分12秒893で3番手となった。

4番手に2分12秒956でエフレン・バスケス（ホンダ）、5番手に2分12秒987でヤコブ・コンフェイル（KTM）が続き、タイトル決定のかかるケントは、午前中のフリー走行3回目でトップタイムを記録。予選では、後ろにつかれることを嫌ってアタックのタイミングを探していたが、クリアラップを取ることはできず、2分12秒994とフリー走行3回目の自己ベストを更新することができず、6番手から決勝に臨むことになった。

7番手に2分13秒106でロマーノ・フェナティ（KTM）、8番手に2分13秒167でフランシスコ･バグナイア（マヒンドラ）、9番手に2分13秒232でエネア・バスティアニーニ（ホンダ）、10番手に2分13秒280でズルファミ・カイルディン（KTM）の順で続き、尾野 弘樹（ホンダ）は初日の転倒で左手の薬指を負傷、午前中のフリー走行3回目は21番手に終わったものの、予選では2分13秒282を記録して11番手となった。鈴木 竜生（マヒンドラ）はフリー走行3回目は22番手、予選ではフリー走行3回目に記録した自己ベストを上回ることができず、2分14秒551で27番手となった。

なお、Moto3クラスの予選中に記録されたラップタイムの中で、3セクターのラップタイムがそのライダーが記録したベストラップの110%をクリアできないタイムがあったとして、6名のライダーにペナルティが課せられ、決勝グリッドが改定された。対象となるのは予選4番手のバスケス、予選6番手のケント、予選15番手のイサック・ビニャーレス（ハスクバーナ）、予選24番手のアンドレア・ミニョ（KTM）、予選28番手のマニュエル・パグリアーニ（マヒンドラ）、予選30番手のレミー・ガードナー（マヒンドラ）の6名。それぞれ3グリッド降格のペナルティが課せられる。