MotoGP第17戦マレーシアGP、MotoGPクラスは、マレーシアのセパンインターナショナルサーキットで2日目の予選を行ない、ダニ・ペドロサ（ホンダ）が1分59秒053でポールポジションを獲得した。

MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはホルヘ・ロレンソ（ヤマハ）。総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたマーベリック・ビニャーレス（スズキ）とブラドリー・スミス（ヤマハ）の二人を加えた12名のライダーによって、Q2は気温34度、路面温度42度のドライコンディションで争われた。

フリー走行総合3番手でQ2に進んだペドロサは、フリー走行4回目でトップタイムを記録。Q2でも1回目のアタックでポールレコードとなる1分59秒053を記録しトップに立つと、2回目のアタックでタイム更新はならなかったものの、今シーズン初ポールポジションを獲得した。

2番手に1分59秒462でマルク・マルケス（ホンダ）。マルケスはセッション序盤にリーダーボードのトップに立ったが、直後にペドロサに逆転されてしまう。2回目のアタックに出たマルケスだったが、12コーナーでマシンが振られて転倒しかけ、そのままコースアウトを余儀なくされアタック中止、すぐにピットに戻って、最後のアタックを行なうと、1分59秒462と自己ベストを記録して2番手につけた。3番手には最後のアタックで1分59秒726を記録したバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）が続き、フロントロウを獲得。フリー走行総合トップのロレンソは、フリー走行4回目に最終コーナーでスリップダウンを喫し、Q2では最後にロッシに逆転されてしまい、1分59秒737で4番手となった。

サテライト勢トップとなる5番手に2分00秒199でカル・クロッチロウ（ホンダ）が続き、6番手に2分00秒224でアンドレア・イアンノーネ（ドゥカティ）、7番手に2分00秒423でアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）。Q1トップのビニャーレスはQ2で2分00秒478を記録して8番手に浮上、スミスも2分00秒652で9番手に続いた。

フリー走行3回目にファクトリー勢に割って入る5番手タイムを記録してQ2に進んだ、オープンクラストップのエクトル・バルベラ（ドゥカティ）は、Q2では2分00秒724で10番手となった。アレックス・エスパロガロ（スズキ）はQ2のセッション終盤に転倒を喫し、2分00秒724で11番手、ポル・エスパロガロ（ヤマハ）は2分00秒794で12番手となった。

以下、Q1の結果順にダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）が2分01秒223で13番手、ステファン・ブラドル（アプリリア）が2分01秒346で14番手、スコット・レディング（ホンダ）が2分01秒367で15番手。

16番手に2分01秒725でジャック・ミラー（ホンダ）がつけたが、ミラーはQ1のセッション終盤に転倒を喫し、マシンから出火するアクシデントがあった。幸いすぐに消火活動が行なわれ、ミラー自身にもダメージはなかった。

以下、17番手に2分01秒727でアルバロ・バウティスタ（アプリリア）、18番手に2分01秒748でヨニー・エルナンデス（ドゥカティ）、19番手に2分01秒829でニッキー・ヘイデン（ホンダ）、20番手に2分01秒862でロリス・バズ（フォワード-ヤマハ）、21番手に2分02秒415でトニ・エリアス（フォワード-ヤマハ）、22番手に2分02秒460でユージン・ラバティ（ホンダ）、23番手に2分02秒964でマイク・デ・ミオ（ドゥカティ）、24番手に2分03秒855でアンソニー・ウエスト（ホンダ）、25番手に2分06秒051でダミアン・カドリン（ART）の順で続いた。