MotoGPクラスのフリー走行3回目は、現地時間午前10時10分から30分間で行なわれた。天候は雨が止み曇り、気温16度、路面温度21度、路面はウェットというコンディション。セッション中、雨が降ることはなく路面も乾いてきたことから、ドライタイヤとウェットタイヤの組み合わせ、もしくは前後ともドライタイヤを装着して周回を重ねたライダー達。ドライコンディションに近づいてきたフリー走行3ではマルク・マルケス（ホンダ）は1分29秒269でトップに立った。2位に1分29秒297のアレックス・マルケス（ドゥカティ）、3位に1分29秒360のヨハン・ザルコ（ドゥカティ）がつけた。初日の転倒により小指を痛めた中上貴晶（ホンダ）は1分30秒929で18番手となった。　

　フリー走行3の直後に開始された予選Q1は、曇り空の中、路面17度、路面温度22度というコンディションで行われた。直前に行われたフリー走行3でレコードラインを中心に路面は乾いているため、各車前後ともドライタイヤを装着しアタック。マルク・マルケスは早々にトップタイムを記録し、さらにタイムを詰めようとプッシュするも、セッション残り5分30秒の13コーナーで転倒。最終コーナーでの転倒ということもあり、マルケスは走ってピットに戻り再びコースに戻っていく。ブラッド・ビンダー（KTM）とマーベリック・ビニャーレス（アプリリア）がマルケスのタイムを上回り、Q2に進出できる上位2位に入る中、各車最後のアタックへ。最終的に1分24秒655を記録したビンダーと1分25秒681のマルケスがQ2進出を決めた。なんとかQ2進出圏内の2位に入ったマルケスだが、ラストアタックでも最終コーナーで挙動が乱れており、薄氷を踏む思いだったに違いない。
　
　唯一の日本人ライダーの中上は小指の負傷もありQ1敗退。決勝は18番グリッドからスタートする。

　Q2前半では、マルケスが13コーナーで再び転倒。ハイサイドを喫し身体を地面に打ち付けるもなんとかピットに帰還。また、同じコーナーでマルコ・ベゼッキ（ドゥカティ）も転倒し、最終コーナーが鬼門と化した。両者ともピットに戻り、マシンを乗り換えてセッション後半に向かう。少しでも良い順位で終わりたいマルケスだったが、1コーナーでも転倒。マルケスにとっては、2セッションのうち3度も転倒を喫してしまう厳しい予選となってしまった。このマルケスの転倒により1コーナーでイエローフラッグが掲示され、タイムを更新したライダーたちのラップはキャンセルに。これにより、1分21秒409の暫定トップタイムを記録していたフランチェスコ・バニャーヤ（ドゥカティ）のポールポジションが確定した。2位には1分21秒487のルカ・マリーニ（ドゥカティ）、3位には1分21秒492を記録したジャック・ミラー（KTM）が入った。

MotoGP第7戦ドイツGP MotoGPクラス 2日目予選結果
1 フランチェスコ・バニャーヤ（ドゥカティ）1分21秒409（Q2）
2 ルカ・マリーニ（ドゥカティ）1分21秒487（Q2）
3 ジャック・ミラー（KTM）1分21秒492（Q2）
4 ヨハン・ザルコ（ドゥカティ）1分21秒765（Q2）
5 マルコ・ベゼッキ（ドゥカティ）1分21秒936（Q2）
6 ホルヘ・マルティン（ドゥカティ）1分21秒995（Q2）
7 マルク・マルケス（ホンダ）1分22秒013（Q2）
8 アレックス・マルケス（ドゥカティ）1分22秒044（FP2）
9 ブラッド・ビンダー（KTM）1分22秒047（Q2）
10 アレイシ・エスパロガロ（アプリリア）1分22秒222（Q2）
11 エネア・バスティアニーニ（ドゥカティ）1分22秒239（Q2）
12 ファビオ・クアルタラロ（ヤマハ）1分22秒421（Q2）
13 マーベリック・ビニャーレス（アプリリア）1分27秒269（Q1）
14 ファビオ・ディ・ジャンアントニオ（ドゥカティ）1分27秒692（Q1）
15 アウグスト・フェルナンデス（ガスガス）1分27秒734（Q1）
16 ミゲール・オリベイラ（アプリリア）1分27秒882（Q1）
17 フランコ・モルビデリ（ヤマハ）1分27秒908（Q1）
18 中上貴晶（ホンダ）1分28秒404（Q1）
19 ラウル・フェルナンデス（アプリリア）1分29秒119（Q1）
20 ジョナス・フォルガー（ガスガス）1分29秒712（Q1）