MotoGP第16戦日本GP、MotoGPクラスは、栃木県のモビリティリゾート・もてぎで2日目の予選を行ない、マルク・マルケス（ホンダ）がポールポジションを獲得した。

　マルク・マルケスはウエットのFP2でトップタイムを記録するが、フリー走行総合トップでQ2に進んだのはドライのQ1でトップタイムを記録していたジャック・ミラー（ドゥカティ）。

　MotoGPクラスはQ1とQ2の前にFP3が予定されていたが、Moto2クラスのQ2が雨により赤旗中断となり大きくディレイ。そのため、FP3はキャンセルとなり、予定より55分遅れでQ1がスタートにタイムスケジュール変更となったが、路面コンディションにより、さらに10分遅れの16時10分にQ1のセッションスタートとなった。

　Q1ではヨハン・ザルコ（ドゥカティ）がトップタイムを記録。2番手のホルヘ・マルティン（ドゥカティ）を加えた12名のライダーによって、Q2は気温22度、路面温度22度のウエットコンディションで争われた。

　Q1を走って路面状況を把握していたザルコは4分すぎに1分56秒076を記録してリーダーボードのトップに立つ。ウエットのFP2でトップタイムを記録していたマルク・マルケスは、6分すぎに1分55秒810を記録してトップに浮上。しかし、直後にザルコが1分55秒774とタイムを更新し、トップを奪還する。

　マルク・マルケスはセッション中盤の8分すぎに1分55秒698とファステストラップを更新すると、さらに残り3分を切ったところで1分55秒214をマーク。このタイムを上回り者は現れず、マルク・マルケスが2019年の日本GP以来となるポールポジションを獲得した。

　ザルコは終盤に1分55秒422と自己ベストを更新して2番手に。ブラッド・ビンダー（KTM）が1分55秒537で3番手に続いた。

　4番手にラストアタックで1分55秒620を記録したマーベリック・ビニャーレス（アプリリア）が続き、5番手にラストアタックで1分55秒686を記録したマルティン、6番手に1分55秒771でアレイシ・エスパロガロ（アプリリア）、7番手に1分55秒784でミラーの順で続いた。

　ミゲール・オリベイラ（KTM）は残り3分で転倒を喫したが、1分55秒895で8番手に。ポイントリーダーのファビオ・クアルタラロ（ヤマハ）は1分56秒326で9番手、10番手に1分56秒354でルカ・マリーニ（ドゥカティ）が続いた。

　ポル・エスパロガロ（ホンダ）が1分57秒354で11番手、フランチェスコ・バニャーヤ（ドゥカティ）は1分57秒373で12番手、ここまでの12名がQ2のタイム順にグリッドを獲得。

　以下、Q1のタイム順にマルコ・ベゼッキ（ドゥカティ）が1分55秒934で13番手、フランコ・モルビデリ（ヤマハ）が1分56秒006で14番手。エネア・バスティアニーニ（ドゥカティ）はQ1で転倒を喫し、1分56秒130で15番手。

　16番手に1分56秒432でファビオ・ディ・ジャンアントニオ（ドゥカティ）、17番手に1分56秒578でアレックス・マルケス（ホンダ）、18番手に1分56秒656でアレックス・リンス（スズキ）。ワイルドカード参戦の長島 哲太（ホンダ）は、フリー走行総合22番手でQ1に進み、Q1ではセッション9番手、Q1で記録した1分57秒229で19番手。20番手に1分57秒288でレミー・ガードナー（KTM）、代役参戦の津田 拓也（スズキ）はフリー走行総合25番手でQ1に進み、Q1ではセッション11番手、Q1で記録した1分57秒787で21番手から決勝に臨む。

　Q1で転倒を喫したラウル・フェルナンデス（KTM）は1分57秒827で22番手。23番手に1分58秒115でカル・クロッチロウ（ヤマハ）、24番手に1分58秒292でダリン・ビンダー（ヤマハ）の順で続き、中上 貴晶（ホンダ）はフリー走行総合12番手でQ1に進み、Q1ではセッション序盤に最終コーナーで転倒、15番手、Q1で記録した1分58秒717で25番手から決勝に臨む。

MotoGP第16戦日本GP MotoGPクラス2日目予選総合結果
1 マルク・マルケス（ホンダ） 1分55秒214 （Q2）
2 ヨハン・ザルコ（ドゥカティ） 1分55秒422 （Q2）
3 ブラッド・ビンダー（KTM） 1分55秒537 （Q2）
4 マーベリック・ビニャーレス（アプリリア） 1分55秒620 （Q2）
5 ホルヘ・マルティン（ドゥカティ） 1分55秒686 （Q2）
6 アレイシ・エスパロガロ（アプリリア） 1分55秒771 （Q2）
7 ジャック・ミラー（ドゥカティ） 1分55秒784 （Q2）
8 ミゲール・オリベイラ（KTM） 1分55秒895 （Q2）
9 ファビオ・クアルタラロ（ヤマハ） 1分56秒326 （Q2）
10 ルカ・マリーニ（ドゥカティ） 1分56秒354 （Q2）
11 ポル・エスパロガロ（ホンダ） 1分57秒354 （Q2）
12 フランチェスコ・バニャーヤ（ドゥカティ） 1分57秒373 （Q2）
13 マルコ・ベゼッキ（ドゥカティ） 1分55秒934 （Q1）
14 フランコ・モルビデリ（ヤマハ） 1分56秒006 （Q1）
15 エネア・バスティアニーニ（ドゥカティ） 1分56秒130 （Q1）
16 ファビオ・ディ・ジャンアントニオ（ドゥカティ） 1分56秒432 （Q1）
17 アレックス・マルケス（ホンダ） 1分56秒578 （Q1）
18 アレックス・リンス（スズキ） 1分56秒656 （Q1）
19 長島 哲太（ホンダ） 1分57秒229 （Q1）
20 レミー・ガードナー（KTM） 1分57秒288 （Q1）
21 津田 拓也（スズキ） 1分57秒787 （Q1）
22 ラウル・フェルナンデス（KTM） 1分57秒827 （Q1）
23 カル・クロッチロウ（ヤマハ） 1分58秒115 （Q1）
24 ダリン・ビンダー（ヤマハ） 1分58秒292 （Q1）
25 中上 貴晶（ホンダ） 1分58秒717 （Q1）