MotoGP第17戦マレーシアGP、MotoGPクラスは、マレーシアのセパンインターナショナルサーキットで2日目の予選を行ない、アンドレア・ドビジオーゾ(ドゥカティ)が2分11秒485でポールポジションを獲得した。
MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはマーベリック・ビニャーレス(スズキ)。総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたカル・クロッチロウ(ホンダ)とロリス・バズ(ドゥカティ)の二人を加えた12名のライダーによって、Q2は争われた。
午前中のフリー走行3回目はドライコンディションで行なわれたが、午後のフリー走行4回目、Q1、Q2とウエットコンディションとなった。Q2は雨はほとんど降っていないが、路面はウエットというコンディション。まずリーダーボードのトップに立ったのはホルヘ・ロレンソ(ヤマハ)。バレンティーノ・ロッシ(ヤマハ)が直後に逆転するが、ドビジオーゾは開始5分すぎにファステストを更新してトップに浮上。さらにセッション最後のアタックで2分11秒485を記録し、オランダGP以来、今シーズン2回目となるポールポジションを獲得した。
最後のアタックで自己ベストとなる2分11秒731を記録したバレンティーノ・ロッシ(ヤマハ)が2番手。それまで2番手につけていたホルヘ・ロレンソ(ヤマハ)は2分11秒787で3番手となった。
初日のフリー走行2回目を胃腸炎による体調不良のため欠場したマルク・マルケス(ホンダ)は2日目のフリー走行3回目から復帰、フリー走行3回目は2番手に止まったものの、フリー走行4回目ではトップタイムを記録してQ2に臨んだが、2分11秒874で4番手に。
フリー走行3回目で転倒し、フリー走行総合13番手に終わったクロッチロウはQ1でトップタイムを記録。Q2では残り5分を切ったところで11コーナーで転倒を喫したものの、再スタート後、最後のアタックで自己ベストを更新、2分12秒558で5番手とインディペンデントチームトップグリッドを獲得した。
今レースから復帰したアンドレア・イアンノーネ(ドゥカティ)は2分12秒598で6番手、Q2のセッション終盤に9コーナーで転倒したアレイシ・エスパロガロ(スズキ)は2分12秒869で7番手。フリー走行総合トップでQ2に進んだビニャーレスは2分12秒981で8番手に。
9番手に2分13秒325でアルバロ・バウティスタ(アプリリア)、Q1で2番手につけQ2に進んだバズは、2分13秒452でMotoGPベストグリッドとなる10番手を獲得。11番手に2分13秒707でポル・エスパロガロ(ヤマハ)、エクトル・バルベラ(ドゥカティ)が2分13秒973で12番手に続いた。
以下、Q1のタイム順にブラドリー・スミス(ヤマハ)が2分12秒898で13番手、ジャック・ミラー(ホンダ)が2分12秒907で14番手、ダニロ・ペトルッチ(ドゥカティ)が2分13秒776で15番手。
ステファン・ブラドル(アプリリア)はQ1のセッション序盤に転倒を喫したものの、セッション終盤に2分13秒850のベストラップを記録し、16番手に。ダニ・ペドロサ(ホンダ)の代役を務める青山 博一(ホンダ)は2分14秒179で17番手。18番手に2分14秒433でスコット・レディング(ドゥカティ)、19番手に2分14秒769でユージン・ラバティ(ドゥカティ)、20番手に2分14秒786でヨニー・エルナンデス(ドゥカティ)、21番手に2分15秒894でティト・ラバット(ホンダ)の順で続いた。