MotoGP第16戦日本GP、Moto3クラスは、栃木県のモビリティリゾート・もてぎで2日目の予選を行ない、鈴木 竜生（ホンダ）がポールポジションを獲得した。

　FP2がウエットとなったため、Moto3クラスの2回のフリー走行総合トップに立ったのは、ドライのFP1でトップタイムを記録したディエゴ・モレイラ（KTM）。フリー走行総合15番手以下のライダーによって争われるQ1でスコット・オグデン（ホンダ）がトップタイムを記録、Q1上位の4名を加えた18名のライダーによって、Q2は気温23度、路面温度22度のウエットコンディションで争われた。

　Q2のセッション序盤をリードしたのはQ1で3番手につけQ2に進んだセルジオ・ガルシア（ガスガス）。ガルシアは開始6分すぎに2分12秒386を記録する。フリー走行総合6番手でQ2に進んだ鈴木は、Q2の開始7分すぎに2分12秒037を記録してトップに浮上。

　残り5分を切ったところでガルシアが2分11秒788を記録して再びトップに立つが、鈴木が残り3分を切ったところで2分11秒246を記録して逆転。鈴木が今シーズン初、グランプリ通算7回目のポールポジションをホームレースで獲得した。

　セッション終盤のラストアタックで2分11秒568を記録したスコット・オグデン（ホンダ）が2番手に続き、グランプリ初フロントロウを獲得。ガルシアは終盤のアタック中に7コーナーで転倒を喫し、タイムを更新できなかったものの、2分11秒788で3番手となった。

　4番手に佐々木 歩夢（ハスクバーナ）。佐々木はフリー走行総合3番手でQ2に進み、Q2では2分11秒942を記録して4番手を獲得。5番手に2分12秒015でデニス・フォッジア（ホンダ）、6番手に2分12秒038でアンドレア・ミーニョ（ホンダ）、7番手に2分12秒120でリカルド・ロッシ（ホンダ）、8番手に2分12秒124でデニス・オンジュ（KTM）、9番手に2分12秒155でイサン・グエバラ（ガスガス）、10番手に2分12秒229でジャウメ・マシア（KTM）の順で続いた。

　山中 琉聖（KTM）はフリー走行総合10番手でQ2に進み、Q2では2分15秒706を記録して17番手、鳥羽 海渡（KTM）はフリー走行総合12番手でQ2に進み、Q2では2分15秒837を記録して18番手。

　古里 太陽（ホンダ）はフリー走行総合20番手でQ1に進み、Q1ではセッション5番手、Q1で記録した2分12秒749で19番手。代役参戦の濱田 寛太（ホンダ）はフリー走行総合28
番手でQ1に進み、Q1ではセッション13番手、Q1で記録した2分14秒027で27番手。

MotoGP第16戦日本GP Moto3クラス2日目予選総合結果
1 鈴木 竜生（ホンダ） 2分11秒246 （Q2）
2 スコット・オグデン（ホンダ） 2分11秒568 （Q2）
3 セルジオ・ガルシア（ガスガス） 2分11秒788 （Q2）
4 佐々木 歩夢（ハスクバーナ） 2分11秒942 （Q2）
5 デニス・フォッジア（ホンダ） 2分12秒015 （Q2）
6 アンドレア・ミーニョ（ホンダ） 2分12秒038 （Q2）
7 リカルド・ロッシ（ホンダ） 2分12秒120 （Q2）
8 デニス・オンジュ（KTM） 2分12秒124 （Q2）
9 イサン・グエバラ（ガスガス） 2分12秒155 （Q2）
10 ジャウメ・マシア（KTM） 2分12秒229 （Q2）
11 カルロス・タタイ（CFMOTO） 2分12秒505 （Q2）
12 ジョン・マクフィー（ハスクバーナ） 2分12秒993 （Q2）
13 ロレンソォ・フロン（ホンダ） 2分13秒109 （Q2）
14 アドリアン・フェルナンデス（KTM） 2分13秒686 （Q2）
15 ディエゴ・モレイラ（KTM） 2分14秒078 （Q2）
16 ダビド・ムニョス（KTM） 2分14秒856 （Q2）
17 山中 琉聖（KTM） 2分15秒706 （Q2）
18 鳥羽 海渡（KTM） 2分15秒837 （Q2）
19 古里 太陽（ホンダ） 2分12秒749 （Q1）
20 イバン・オルトラ（KTM） 2分13秒081 （Q1）
21 ダニエル・オルガド（KTM） 2分13秒237 （Q1）
22 ジョエル・ケルソ（KTM） 2分13秒393 （Q1）
23 チャビエル・アルティガス（CFMOTO） 2分13秒447 （Q1）
24 ジョシュア・ワットリー（ホンダ） 2分13秒755 （Q1）
25 ステファノ・ネパ（KTM） 2分13秒775 （Q1）
26 エリア・バルトリーニ（KTM） 2分13秒985 （Q1）
27 濱田 寛太（ホンダ） 2分14秒027 （Q1）
28 マリオ・アジ（ホンダ） 2分14秒763 （Q1）
29 ニコラ・カラーロ（KTM） 2分15秒402 （Q1）
30 アナ・カラスコ（KTM） 2分20秒016 （Q1）