MotoGP第18戦マレーシアGP、MotoGPクラスは、マレーシアのセパンインターナショナルサーキットで2日目の予選を行ない、マルク・マルケス（ホンダ）がポールポジションを獲得した。

MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはマーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）。ビニャーレスはフリー走行3回目でトップタイムを記録。また、今レースよりケガから復帰したホルヘ・ロレンソ（ドゥカティ）だが、初日を走った後、欠場することを決め、フリー走行3回目よりミケーレ・ピロ（ドゥカティ）が代役として参戦することになった。

Q1前のフリー走行4回目はセッション中盤にスコールに見舞われ、ビニャーレスとジョルディ・トーレス（ドゥカティ）、カレル・アブラハム（ドゥカティ）が突然降り出した雨に足元をすくわれて転倒を喫してしまう。続くQ1は開始直後より雨がひどく、各ライダーコースインしたものの、すぐに赤旗が掲示。約1時間20分の中断を経て、16時30分から再開され、アルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）がトップタイムを記録、2番手にアレイシ・エスパルガロ（アプリリア）が続き、Q2に進出した。

Q2は気温25度、路面温度28度のウエットコンディションとなったが、スタート時点では路面の水量は少なくなっていた。

Q2開始4分30秒過ぎにマルケスは2分13秒641を記録してリーダーボードのトップに浮上。さらに続く周回には2分12秒161とファステストを更新する。そのままアタックを続行したマルケスだったが、残り5分となった4コーナーで転倒。ピットに戻ってマシンを乗り換えて最後のアタックに出たものの、タイム更新はならず。しかし、前戦オーストラリアGPに続いて、今シーズン7回目となるポールポジションを獲得した。

ところが、予選終了後、FIM MotoGPスチュワードパネルは、マルケスに対して、Q2セッション中にレーシングライン上をスロー走行したとして、6グリッド降格のペナルティを課した。これによりマルケスは3列目7番グリッドからのスタートとなった。

2番手に2分12秒709でヨハン・ザルコ（ヤマハ）が続いた。ザルコは最後のアタックで自己ベストを記録。バレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）は終盤2番手につけていたが、最後にザルコに逆転されて、2分13秒009で3番手となった。

4番手に2分13秒097でアンドレア・イアンノーネ（スズキ）が続き、アンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）は最後のアタックラップ中に9コーナーで転倒を喫し、2分13秒183で5番手となった。

6番手に2分13秒274でジャック・ミラー（ドゥカティ）、7番手に2分13秒413でダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）。なお、マルケスのペナルティにより、予選2番手のザルコから7番手のペトルッチまで一つずつグリッドが繰り上がることになり、ザルコがポールポジションの位置からスタートする。

8番手に2分13秒463でアレックス・リンス（スズキ）の順で続き、Q1トップのバウティスタが2分14秒185で9番手に浮上。ダニ・ペドロサ（ホンダ）が2分14秒443で10番手に続いた。フリー走行総合トップでQ2に進んだビニャーレスは2分14秒856で11番手に止まり、Q1からQ2に進出したアレイシ・エスパルガロはQ2のセッション序盤に4コーナーで転倒、2分15秒340で12番手となった。

以下、Q1のタイム順にスコット・レディング（アプリリア）が2分13秒786で13番手、ピロが2分13秒823で14番手、ハビエル・シメオン（ドゥカティ）は2分13秒971で15番手。

16番手に2分14秒132でポル・エスパルガロ（KTM）が続き、ブラドリー・スミス（KTM）はQ1のセッション序盤に転倒、マシンを乗り換えてアタックを続行したものの、2分14秒332で17番手に。トーマス・ルティ（ホンダ）はQ1の終盤に転倒を喫したものの、2分14秒843で18番手。

19番手に2分14秒994でフランコ・モルビデリ（ホンダ）、20番手に2分15秒364でステファン・ブラドル（ホンダ）、21番手に2分15秒679でアブラハムの順で続き、中上 貴晶（ホンダ）はQ1前のフリー走行4回目で転倒、Q1では2分16秒558でセッション12番手に止まり、22番手から決勝に臨む。ホームレースのハフィス・シャリン（ヤマハ）は2分16秒825で23番手に終わり、トーレスはフリー走行4回目の転倒でQ1に出走せず、24番グリッドから決勝に臨む。

なお、明日の決勝日のスケジュールだが、天候を考慮して変更されることになった。朝のウオームアップセッションが予定より2時間前倒しでスタート。決勝はMoto3クラスが午前10時（日本時間午前11時）、Moto2クラスが午前11時20分（午後0時20分）、MotoGP午後1時（午後2時）よりスタートすることに変更された。