MotoGP第18戦マレーシアGP、Moto3クラスは、マレーシアのセパンインターナショナルサーキットで2日目の予選を行ない、ホルヘ・マルティン（ホンダ）が2分11秒731でポールポジションを獲得した。

Moto3クラスの2日目は午前中のフリー走行3回目はウエットとなったが、午後の予選までには路面コンディションが回復、予選は気温25度、路面温度42度のドライコンディションで争われた。

セッション序盤にトップに立ったのはジョン・マクフィー（KTM）。マクフィーは開始10分すぎに2分12秒786を記録してリーダーボードのトップに立つ。2回目のアタックでは、開始25分過ぎにマルコ・ベゼッチ（KTM）が2分12秒725を記録してトップに浮上するが、直後にマクフィーが2分12秒141とファステストを更新してトップを奪還する。

残り5分を切って最後のアタックが始まると、マクフィーが2分12秒081とファステストを更新してトップをキープ。しかし、マルティンが最後のアタックラップで2分11秒731を記録、前戦オーストラリアGPに続いて、今シーズン10回目のポールポジションを獲得した。

最後のアタックで2分11秒763を記録したベゼッチが2番手に続き、タイトルを争う二人がフロントロウに並んだ。3番手に2分12秒065でトニー・アルボリーノ（ホンダ）が続き、今シーズン2度目のフロントロウを獲得。マクフィーは最後に逆転され、2分12秒081で4番手に終わった

5番手に2分12秒211でアルベルト・アレナス（KTM）、6番手に2分12秒222でエネア・バスティアニーニ（ホンダ）が続き、7番手に2分12秒543で鈴木 竜生（ホンダ）、8番手に2分12秒627で真崎 一輝（KTM）、9番手に2分12秒637で佐々木 歩夢（ホンダ）が続いた。鈴木、真崎、佐々木共に最後のアタックラップでベストタイムを記録。日本人ライダー3人が3列目グリッドに並んだ。10番手に2分12秒679でニッコロ・アントネッリ（ホンダ）が続き、鳥羽 海渡（ホンダ）はラストアタックで記録した2分13秒160で20番手から決勝レースに臨む。