MotoGP第16戦日本GP、MotoGPクラスは、栃木県のツインリンクもてぎで1日目の2回のフリー走行を行ない、アンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）が1分45秒358で初日総合トップに立った。

MotoGPクラスのフリー走行1日目は、午前中のフリー走行1回目はドライコンディションで行なわれたが、午後のフリー走行2回目はウエットから徐々に路面が乾いていき、一部ウエットパッチが残る路面コンディションの中でのセッションとなった。このため、初日の総合結果はドライで行なわれたフリー走行1回目のタイム順となった。

ドビジオーゾは1回目のセッション終盤にファステストを更新。微妙な路面コンディションとなった2回目、路面コンディションが回復してきた終盤もピットに止まり、走行しなかった。

総合2番手に1分45秒463でカル・クロッチロウ（ホンダ）が続いた。クロッチロウも、2回目はピットで待機し、結局コースインしなかった。ヨハン・ザルコ（ヤマハ）が1分45秒483で総合3番手。ザルコは2回目はウエットの序盤からレインタイヤで周回を重ね、終盤にスリックタイヤに履き替えると、トータル16周を回り、セッション5番手につけた。

マルク・マルケス（ホンダ）は1分45秒498で総合4番手。マルケスは2回目はピットで待機し、結局走行しなかった。総合5番手に1分45秒640でマーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）、ビニャーレスは2回目はウエットタイヤで18周を回り、スリックに履き替えなかったため、セッション15番手に止まった。

アンドレア・イアンノーネ（スズキ）が1分46秒030で総合6番手、アルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）が1分46秒210で総合7番手、ジャック・ミラー（ドゥカティ）が1分46秒265で総合8番手で続き、バレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）は1分46秒329で総合9番手。ロッシはウエットの2回目はレインタイヤで14周を回り、14番手。総合10番手に1分46秒526でアレイシ・エスパルガロ（アプリリア）が続いた。

ダニ・ペドロサ（ホンダ）は1分46秒568で総合11番手、ウエットの2回目では終盤にスリックを履き、トップタイムを記録した。スコット・レディング（アプリリア）が1分46秒854で総合12番手に続き、ウエットの2回目ではセッション2番手。

中上 貴晶（ホンダ）は1分46秒856で総合13番手。中上はウエットの2回目はレインで4周、最後はスリックでコースに出たものの、セッショントップタイムの107%をクリアできなかった。ポル・エスパルガロ（KTM）が1分46秒859で総合14番手、
ワイルドカード参戦の中須賀 克行（ヤマハ）は1分46秒872で総合15番手、ウエットの2回目は終盤にスリックで3周し、12番手となった。

以下、総合16番手に1分46秒998でハビエル・シメオン（ドゥカティ）、総合17番手に1分47秒054でダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）、総合18番手に1分47秒137でブラドリー・スミス（KTM）、総合19番手に1分47秒187でアレックス・リンス（スズキ）、総合20番手に1分47秒428でフランコ・モルビデリ（ホンダ）、総合21番手に1分47秒537でシルバン・ギュントーリ（スズキ）、総合22番手に1分47秒665でジョルディ・トーレス（ドゥカティ）、総合23番手に1分47秒716でカレル・アブラハム（ドゥカティ）、総合24番手に1分47秒726でハフィス・シャリン（ヤマハ）、総合25番手に1分47秒833でトーマス・ルティ（ホンダ）の順で続き、ホルヘ・ロレンソ（ドゥカティ）は午前中のフリー走行1回目にコースインしたものの、左手首のケガの状態が思わしくなく、すぐにピットに戻り、今レースを欠場することになった。