MotoGP第16戦日本GP、Moto3クラスは、栃木県のツインリンクもてぎで1日目の2回のフリー走行を行ない、ヤコブ・コンフェイル（KTM）が1分57秒740で初日総合トップに立った。

Moto3クラスのフリー走行1日目は午前中のフリー走行1回目はドライコンディションで行なわれたが、午後の2回目はウエットコンディションとなった。このため、初日の総合順位は、ドライで行なわれたフリー走行1回目のタイム順となった。

コンフェイルはサンマリノGP以降、4戦連続でフリー走行1回目でトップタイムを記録。ウエットの2回目は12番手に止まったが、初日総合トップ発進。

総合2番手に1分57秒848でアロン・カネト（ホンダ）。カネトは1回目のセッションでは9コーナーで転倒を喫したものの2番手、ウエットの2回目は3番手で終えた。エネア・バスティアニーニ（ホンダ）が1分58秒076で総合3番手。バスティアニーニはウエットの2回目は13番手。

総合4番手に1分58秒190でロレンツォ・ダラ・ポルタ（ホンダ）、総合5番手に1分58秒202でジョン・マクフィー（KTM）が続き、マルコ・ベゼッチ（KTM）が1分58秒212で総合6番手。ベゼッチはウエットの2回目はトップタイムを記録した。

総合7番手に1分58秒339でフィリップ・エッテル（KTM）、総合8番手に1分58秒483でトニー・アルボリーノ（ホンダ）、総合9番手に1分58秒487でマルコス・ラミレス（KTM）、総合10番手に1分58秒536でアルベルト・アレナス（KTM）の順で続き、真崎 一輝（KTM）が1分58秒830で総合11番手、鈴木 竜生（ホンダ）が1分58秒916で総合14番手。ウエットの2回目は真崎が25番手、鈴木は4番手につけた。　ポイントリーダーのホルヘ・マルティン（ホンダ）は1分59秒004で総合16番手。佐々木 歩夢（ホンダ）が1分59秒175で総合20番手に続いたが、佐々木はウエットとなった午後の2回目はケガから回復中の左手首に配慮し、リスクを回避するために走行しなかった。

鳥羽 海渡（ホンダ）は1回目24番手、2回目23番手、1回目に記録した1分59秒732で総合24番手。ワイルドカード参戦の福嶋 佑斗（ホンダ）は1回目29番手、2回目24番手、2分02秒036で総合29番手、岡崎 静夏（ホンダ）は1回目30番手、2回目26番手、2分04秒065で総合30番手で初日を終えた。