MotoGP第16戦日本GP、MotoGPクラスは、栃木県のツインリンクもてぎで決勝レースを行ない、マルク・マルケス（ホンダ）が優勝。2018年シーズンのチャンピオンを獲得した。

MotoGPクラスの決勝レースは好天に恵まれ、気温23度、路面温度35度のドライコンディションで争われた。ポールポジションからスタートしたアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）がトップに立ち、好スタートを決めたマルケスは2コーナー立ち上がりの時点で3番手につけると、9コーナーで2番手に浮上する。ジャック・ミラー（ドゥカティ）が3番手、カル・クロッチロウ（ホンダ）が4番手、バレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）が5番手に続き、序盤にアレックス・リンス（スズキ）とアンドレア・イアンノーネ（スズキ）もトップ集団に追いつき、5周目の段階でトップ集団は7人となる。

5周目にクロッチロウがマルケスを交わして2番手に浮上するが、7周目にマルケスがクロッチロウの前に出て2番手に復帰。この時点でロッシが4番手につけていたが、徐々に遅れ、レース中盤にはドビジオーゾ、マルケス、クロッチロウの3人のトップ争いとなる。

15周目の9コーナーでマルケスがドビジオーゾを交わしてトップに浮上するが、続くヘアピンの10コーナー立ち上がりでラインを外し、バックストレートエンドでドビジオーゾがトップを奪い返す。終盤に入ると、クロッチロウがトップの二人から遅れ始め、トップ争いはドビジオーゾとマルケスの一騎打ちとなる。

24周目のレースの18周目にドビジオーゾがファステストを更新するが、マルケスも自己ベストを更新して離されない。続く、19周目には二人が相次いでファステストラップを更新。21周目の9コーナーでマルケスがトップに立ち、終盤を迎える。

そして、残り2周となった23周目のヘアピンコーナー進入でドビジオーゾがまさかのスリップダウン。マルケスはそのままトップでチェッカーを受け、MotoGPクラスで5回目、グランプリ通算7回目となるチャンピオンを獲得した。

2番手争いはクロッチロウとリンスの接戦となったが、クロッチロウが2位でゴール。ホンダはホームレースで今シーズン初のワンツーフィニッシュを達成した。リンスはクロッチロウに勝負をしかけることができなかったが、スズキのホームレースで3位表彰台を獲得。

4位にロッシ、中盤以降、追い上げたアルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）5位に続き、6位にヨハン・ザルコ（ヤマハ）が入賞。マーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）は序盤は10番手前後を走っていたが、中盤以降ポジションを挽回、7位に入賞した。

8位にダニ・ペドロサ（ホンダ）、9位にダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）、ルーキートップとなる10位にハフィス・シャリン（ヤマハ）が入賞、11位にフランコ・モルビデリ（ホンダ）、12位にブラドリー・スミス（KTM）、13位にポル・エスパルガロ（KTM）が入賞した。

ワイルドカード参戦の中須賀 克行（ヤマハ）とMotoGP初ホームレースの中上 貴晶（ホンダ）は序盤からポジションを争い、中須賀が14位、中上が15位に入賞。

16位にハビエル・シメオン（ドゥカティ）、17位にジョルディ・トーレス（ドゥカティ）の順で続き、ドビジオーゾは再スタートして18位でチェッカーを受けた。以下、19位にスコット・レディング（アプリリア）、20位にトーマス・ルティ（ホンダ）、21位にシルバン・ギュントーリ（スズキ）の順。

イアンノーネは4番手走行中の15周目のヘアピンで転倒リタイア。カレル・アブラハム（ドゥカティ）は11周目の5コーナーで転倒、再スタートしたものの、ピットに戻ってリタイア。ミラーはは7番手走行中の11周目の9コーナーで転倒リタイア。アレイシ・エスパルガロ（アプリリア）は4周を回ってピットに戻りリタイアとなった。