MotoGP第16戦日本GP、MotoGPクラスは、栃木県のツインリンクもてぎで2日目の予選を行ない、アンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）が1分44秒590でポールポジションを獲得した。

ドビジオーゾは3回のフリー走行で総合トップでQ2に進出。総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたアルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）と中上 貴晶（ホンダ）の二人を加えた12名のライダーによって、Q2は気温20度、路面温度29度のドライコンデションで争われた。

1回目のアタックでファステストを記録したのはカル・クロッチロウ（ホンダ）。クロッチロウは開始6分前に1分44秒909をマークした。

2回目のアタックが始まると、残り約1分でマルク・マルケス（ホンダ）が1分44秒889を記録してトップに浮上。しかし、続いて、ヨハン・ザルコ（ヤマハ）が1分44秒860、ジャック・ミラー（ドゥカティ）が1分44秒727を記録してトップに立つ。しかし、ドビジオーゾが1分44秒590とファステストを更新、今シーズン2度目のポールポジションを獲得した。

2番手に1分44秒658でザルコが続いた。ザルコはドビジオーゾに逆転されたものの、最後のアタックで自己ベストを更新、イギリスGP以来となるフロントロウを獲得し、インディペンデントチームのトップ、ヤマハ勢のトップにつけた。

ミラーもリーダーボードのトップに立った後、アタックを続行していたが、最後のアタックラップ中に5コーナーで転倒を喫し、1分44秒727で3番手と、サンマリノGP以来のフロントロウを獲得。

クロッチロウが1分44秒820で4番手、アンドレア・イアンノーネ（スズキ）が1分44秒832で5番手に続き、フリー走行4回目に7コーナーで転倒を喫していたマルク・マルケス（ホンダ）は1分44秒889で6番手となった。

7番手に1分45秒140でマーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）、8番手に1分45秒225でアレックス・リンス（スズキ）、9番手に1分45秒265でバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）の順で続き、バウティスタが1分45秒396で10番手に。ダニ・ペドロサ（ホンダ）は1分45秒519が11番手、今シーズン4回目のQ2に進出となった中上は1分46秒168とQ1で記録したベストに届かなかったものの、12番手を獲得した。

以下、Q1のタイム順にブラドリー・スミス（KTM）が1分45秒722で13番手、ポル・エスパルガロ（KTM）が1分45秒742で14番手、ダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）が1分45秒759で15番手。

16番手に1分45秒765でハフィス・シャリン（ヤマハ）、17番手に1分45秒969でフランコ・モルビデリ（ホンダ）、18番手に1分46秒072でカレル・アブラハム（ドゥカティ）、19番手に1分46秒183でアレイシ・エスパルガロ（アプリリア）の順で続き、ワイルドカード参戦の中須賀 克行（ヤマハ）はQ1前のフリー走行4回目で転倒を喫したが、Q1では1分46秒441を記録してセッション10番手、予選総合では20番手となった。

以下、21番手に1分46秒571でスコット・レディング（アプリリア）、22番手に1分46秒573でハビエル・シメオン（ドゥカティ）、23番手に1分46秒817でトーマス・ルティ（ホンダ）、24番手に1分47秒106でワイルドカード参戦のスズキのテストライダー、シルバン・ギュントーリ（スズキ）、25番手に1分47秒147で代役参戦のジョルディ・トーレス（ドゥカティ）の順となった。