MotoGP第16戦日本GP、Moto3クラスは、栃木県のツインリンクもてぎで2日目の予選を行ない、ガブリエル・ロドリゴ（KTM）が1分56秒894でポールポジションを獲得した。

Moto3クラスの予選は気温22度、路面温度33度のドライコンディションで争われた。1回目のアタックでトップに立ったのはマルコ・ベゼッチ（KTM）。ベゼッチは開始10分すぎに1分57秒264を記録した。ロドリゴは残り15分を切ったところで1分57秒258とファステストを更新。残り5分を切って最後のアタックに向けて各ライダーがコースインする。

ラストアタックでまずトップに立ったのはエネア・バスティアニーニ（ホンダ）。バスティアニーニは1分57秒194を記録するが、その後方の集団の先頭でアタックしていたホルヘ・マルティン（ホンダ）が1分57秒118を記録して逆転するが、直後につけていたロドリゴが1分56秒894を記録してポールポジションを獲得した。ロドリゴのポール獲得は今シーズン初、Moto3クラス通算3回目となる。

ロドリゴに続いていた、ジョン・マクフィー（KTM）がラストアタックで1分56秒969で2番手に続き、ベゼッチはラストアタックで記録した1分57秒014で3番手を獲得。

マルティンが1分57秒118で4番手となり、5番手に1分57秒120でダリン・ビンダー（KTM）、6番手に1分57秒194でバスティアニーニ、7番手に1分57秒202でデニス・フォッジア（KTM）の順で続いた。

真崎 一輝（KTM）はロドリゴらと同じ集団の中でラストアタックに臨み、チェッカーを受けた時点では5番手だったものの、1分57秒260で8番手となった。前戦タイGPではフロントロウを獲得している真崎は、2戦連続で予選トップ10入り。

9番手に1分57秒410でアルベルト・アレナス（KTM）、10番手に1分57秒453でロレンツォ・ダラ・ポルタ（ホンダ）の順で続いた。

佐々木 歩夢（ホンダ）はラストアタックの7コーナーでハイサイド転倒、1分57秒610で13番手。鈴木 竜生（ホンダ）は残り10分の9コーナーで転倒を喫し、最後のアタックに臨むことができず、1分58秒411で26番手。鳥羽 海渡（ホンダ）は1分58秒659で28番手、ワイルドカード参戦の岡崎 静夏（ホンダ）は2分03秒453で29番手、福嶋 佑斗（ホンダ）は開始15分すぎに5コーナーで転倒を喫したものの、再スタートし、2分03秒584で30番手となった。